Niko Bellic adında yasadışı yollarla göç etmiş Bosna Savaşı gazisi olan bir Sırp uyruklu bir adamın hikâyesini ele alınmaktadır. Annesinden (Milica Bellic) başka kimsesi yoktur. Abisi yıllar önce öldürülmüş, kuzeni Roman ise Amerika‘ya göç etmiştir.
Niko‘nun Bosna savaşında mensubu olduğu müfreze bir gece pusuya düşürülür ve 12 kişi ölür. Pusudan sadece 3 kişi kurtulmuştur. Niko, Florian Cravic ve Darko Brevic. Ancak Niko, Florian ya da Darko‘nun müfrezeye ihanet edip düşmana sattığına ve bu yüzden pusuya düştüklerine inanmaktadır.
Savaştan sonra Niko için hayat zorlu geçmeye başlar. Bir yandan müfrezeye ihanet eden iki adamı ararken, bir yandan da suç dünyasının içine dalar ve hatta hapishaneye bile düşer. Hapisten çıktıktan sonra Yugoslavya‘dan İtalya‘ya insan kaçakçılığı yapan Rodislav Bulgarin‘le tanışır ve onun ekibine girer. Bu sırada da Florian‘ın Liberty City‘e gittiğini öğrenir. Yine İtalya‘ya botla insan kaçırdıkları bir gece bot kayalara çarpıp batar. Niko yüzerek kendini kurtarır. Ancak Bulgarin, botu Niko‘nun batırdığına ve paralarla kaçtığına inanmaktadır. Bu yüzden o da Niko‘yu aramaktadır.
Niko “Platypus” adında bir yük gemisinde çalışmaya başlar. 7 ay denizlerde dolaştıktan sonra Liberty City‘ye gelir. Zaten kuzeni Roman da sürekli ona mektuplar yazıp yanına gelmesini istemektedir. Böylece Niko kuzeni Roman’ın zengin ve eğlenceli hayatını paylaşmak için Platypus’dan iner. Ancak onu büyük bir süpriz beklemektedir.
Grand Theft Auto 4 Başlarken:
Liberty City‘ye Amerikan rüyasını yaşamak ve on beş yıl önce kendi askeri birliğine ihanet eden kişiden intikam almak için gelen Niko‘yu kötü bir süpriz beklemektedir. Kuzeni Roman Bellic, mektuplarında yazdığı gibi son model arabaları olan, para içinde yüzen, malikanede yaşayan ve güzel kızlarla gezen biri değildir. Tam tersi, sadece bir taksi durağının sahibir ve fazla parası da yoktur. Niko şehre geldikten sonra Roman‘ın kumar borçlarıyla, tefecilerle uğraştığını ve kirli bir apartman dairesinde yaşadığını öğrenir. Niko kısa zamanda kendini hem kuzeninin hem de bütün bir şehrin belalı işlerinin içinde bulur.
Niko, Roman‘ın tefecisi olan Vladimir Glebov için Roman‘ın borçlarının karşılığı olarak görevler yapmaya başlar fakat Vlad, aynı zamanda Roman‘ın kız arkadaşı olan Mallorie Bardas‘a sarkmaktadır. Niko Bellic bundan rahatsız olur ve Vlad‘i öldürür. Roman ile birlikte cesedi denize atarlar. Bu cinayet üzerine Niko, Roman‘a Liberty City‘ye intikam için geldiğini ve iki kişiyi aradığını söyler.
Bu olaydan sonra Vlad‘in üstleri olan Mikhail Faustin ve ortağı Dimitri Rascalov, Roman ve Niko‘yu kaçırır. Faustin, Vlad‘in öldürülmesine kızmaz ve Niko‘yu işe alır. Niko, Faustin için birtakım görevler yapar. Faustin‘in çılgınca kararlarının ardından ortağı Dimitri, Niko‘ya Fauistin‘i öldürmesini söyler. Niko, Fauistin‘i öldürür ve parasını almak için Jamaikalı arkadaşı Little Jacob ile Dimitri‘nin yanına gider. Dimitri, Niko‘nun eskiden iş yaptığı ve sonradan bozuştuğu Ray Bulgarin ile gizlice anlaşmıştır. Ray Bulgarin, Niko‘nun kendisine borcu olduğunu iddia etmektedir. Dimitri ile Ray Bulgarin, Niko‘yu öldürtmeye çalışır fakat Niko, Jacob ile beraber Dimitri‘nin adamlarını öldürür. Dimitri ile Ray Bulgarin olay yerinden kaçar.
Niko‘ya Roman‘dan telefon gelir. Niko‘yla ikisi buluşurlar ancak Roman‘ın alevler içindeki dairesi ve taksi durağıyla karşılaşırlar. Olayı gerçekleştiren Dimitri‘nin adamlarıdır. İkisi Bohan‘a kaçarlar. Roman, kız arkadaşı Mallorie‘ye evlenme teklif edeceğine dair planlarını açıklar. Niko ilerleyen günlerde şehir civarında yeni dostlar edinip İrlandalı McReary Suç Örgütü (Gerry McReary, Packie McReary, Francis McReary ve Derrick McReary), Pegorino Suç Örgütü (Jimmy Pegorino, Ray Boccino ve Phil Bell), Playboy X, Dwayne Forge, Elizabeta Torres ve daha birçok suçluyla ve suç örgütüyle; aradığı kişiyi bulmak, para biriktirmek, kendisini ve kuzeni Roman‘ın hayatını korumak için çalışır. Niko sonunda askeri birlikten ihanet ettiğini düşündüğü iki kişiden biri olan Florian Cravic‘in izine Ray Boccino aracılığı ile rastlar fakat kendisi ismini Bernie Crane olarak değiştirmiştir ve Niko, Bernie‘nin aradığı kişiyle hiçbir bağlantısı olmadığını tespit eder ve geriye tek şüpheli şahıs kalmıştır: Darko Brevic.
Niko Bellic, United Liberty Paper adı altında belirsiz bir devlet dairesi ve Jon Gravelli adında bir mafya lideri için çalışır. Karşılığında United Liberty Paper, Darko‘yu Liberty City‘ye getirir. Niko, uyuşturucu düşkünü ve suçluluk duygusu hisseden Darko ile karşı karşıya gelir. Darko‘yu infaz etmek ya da bağışlamak oyuncunun tercihine bırakılmıştır. Daha sonra kendi geçmişinin acılarını dindirmeye çalışan Niko bir barda kafa dinlerken Jimmy Pegorino ile karşılaşır ve Niko‘dan kendisine para karşılığı son kez bir iyilik yapıp yapamayacağını sorar; iyilik de bir eroin nakliyesini kendisi için ele geçirip bir Dimitri‘ye satmaktır.
Grand Theft Auto 4 Biterken:
Oyun belli bir noktadan sonra karakterin seçimine sunulmuş iki farklı son ile bitmektedir. Oyuncu Niko‘nun Dimitri‘den intikam almasıyla ya da onunla anlaşmaya varmasıyla bitmektedir.
Seçenek 1:
Oyuncu intikamı seçerse Dimitri tankeriyle bir uyuşturucu nakliyatı denetlediği sırada ona bir tuzak kurar. Niko, Dimitri‘nin olduğu tankere girip adamlarını öldürür geminin kontrol kabinine girer kargo kapılarını açar, sonra kapılardan girip Dimitri Rashalov‘u öldürür. Sonuç olarak Roman ile Mallorie‘nin düğünü yapılır ve ihanete uğradıktan sonra küplere binen Jimmy Pegorino nikahın yapıldığı kilisenin önünden arabayla hızla geçerken Niko‘nun sevdiği kişiyi Kate McReary‘i öldürür. Niko, Roman ve Little Jacob; Alderney bölgesindeki bir kumarhaneye doğru kaçan Pegorino‘nun adamlarının peşine düşer. Niko, Pegorino‘yu öldürme girişiminde bulunur; fakat Pegorino bir tekneyle Happiness adasına doğru kaçar. Niko motosikletle onu sahilden takip eder. Karakterimiz Niko bir rampadan motorsikletiyle atlayarak Jacob‘un kullandığı helikoptere tutunur ve tırmanır. Helikopterin kontrolünü alarak takip eder. Tekne alev alır. Tekneden helikoptere roket atarlar helikopter düşer. Adaya inip Jimmy Pegorino‘yu öldürür.
Seçenek 2:
Oyuncu anlaşmaya varmak isterse, Niko, Phil Bell ile takas yapmak için limanda buluşur. Dimitri takasın kendi lehinde sonuçlanacağı şekilde takasa sabotaj yaptırır; fakat Niko ve Phil nihayetinde uyuşturucu parasını umursamayarak da olsa ele geçirir. takasın yapılmasına karşı olan, Niko‘yu hayal kırıklığına uğratmış Kate, Roman ile Mallorie‘nin nikahına katılmamıştır. Düğün olurken Dimitri tarafından gönderilmiş olan suikastçiler Niko‘yu öldürmeye gelir, çatışma çıkar, çatışma Roman‘ın yanlışlıkla öldürülmesiyle son bulur. Mahvolmuş ve intikam duygularıyla kabaran Niko, Little Jacob ile takım oluşturur ve şu anda Pegorino‘nun ortağı olan Dimitri‘yi öldürmek için Alderney‘deki terk edilmiş kumarhaneye giderler. Jacob, Niko‘nun Dimitri‘yi öldürmesinin ardından yürüteceği planı tertip etmek için kumarhanenin önündeyken ayrılır. Kumarhanedeyken, Dimitri Pegorino‘yu öldürüp kaçmaya başlar. Niko ve Little Jacob, Liberty adasına doğru kaçmakta olan Dimitri‘yi takip eder eve oracıkta Dimitri‘yi öldürürler. Niko kendisinin refahından endişeli durumdadır.