Ana karakterimiz Carl Johnson (CJ), 1992 yılında annesinin vefat haberini alması üzerine yıllar önce terk ettiği memleketi Los Santos'a geri döner. 1987 yılında trajik olaylar ve çete savaşlarından uzaklaşmak için Liberty City'ye taşınmıştır. Fakat annesinin ölümü CJ'i, geçmişiyle yüzleşmeye ve eski hayatına geri dönmeye mecbur bırakır.
CJ, taksiyle mahallesine yani Grove Street'e dönecekken, polisler tarafından durdurulur. Polis arabasına bindirilen CJ, burada Los Santos Polis Teşkilatı'nın yozlaşmış birimi C.R.A.S.H ile karşılaşır. Bunlar çete ilişkilerinden kendilerine şantaj ve tehditle çıkar sağlayan, görevlerini kötüye kullanan hain polislerdir. Birimin başındaki Frank Tenpenny ve yardımcısı Eddie Pulaski, CJ'i annesinin ölümüyle ilgili tehdit ve baskıyla sindirmeye çalışır. Tenpenny, annesinin ölümünde kendi parmağı olmadığını ima etse de, CJ durumu sorgulamaya başlar.
Annesinin evinde Big Smoke ile karşılaşır ve birlikte annesinin cenazesi için mezarlığa giderler. Cenazede kardeşleri Sweet (Sean Johnson), kız kardeşi Kendl ve yakın dostları Ryder ile buluşurlar. Cenazede Ballas çetesi onlara beklenmedik şekilde saldırır ancak sağ sağlim Grove Street'e dönmeyi başarırlar.
CJ, yeniden Grove Street'e katılarak çeteyi toparlamaya başlar. Başlarda bazı şeyler iyi gitse de zamanla aralarındaki güven sarsılır. Sweet, Grove Street'in kontrolünü tekrar kazanmak için savaşırken CJ'e soğuk davranır. CJ ise hem aileyi hem mahalleyi bir arada tutmaya çalışır.
Bir gün Cesar Vialpando (Kendl'ın erkek arkadaşı) CJ'i arar ve ihanetin gerçek yüzünü gösterir. Big Smoke ve Ryder, Grove Street'e ihanet etmiş, Ballas ile iş birliği yapmışlardır. CJ bunu öğrendiğinde hem şaşkına döner hem de öfkeye kapılır. CJ otoparkta çete savaşı olduğunu görür, kardeşi Sweet ağır yaralanmıştır. Gidip herkesi ortadan kaldırır ve kardeşini kurtarmaya çalışırken polis baskını gerçekleşir. Ancak Tenpenny, CJ'i tutuklamak yerine, onu şehirden uzaklaştırmak amacıyla Los Santos'un dışında Angel Pine adındaki küçük bir kasabaya bırakır. Kardeşi Sweet ise hapishaneye gönderilir.
Bir süre Los Santos dışında yaşamını sürdürür. O sırada tanıştığı The Truth adlı sıradışı bir karakter sayesinde yolları San Fierro şehrine düşer. Burada Kendl ve Cesar'ın da destekleriyle kendi araç tamiri ve garaj atölyesini açar. Kör olmasına rağmen başarılı bir mafya lideri olan Wu Zi Mu (Woozie) ile tanışır. Woozie ile araba yarışlarına katılır, düşman çetelere karşı iş birliği yapar. Bu süreçte Grove Street'e ihanet eden Ryder'ın izine ulaşılır ve ihanetinin bedeli olarak CJ tarafından öldürülür.
Daha sonra yoluna Las Venturas'ta devam eder ve kumarhane işleri ile ilgilenir. Burada Woozie ile birlikte bir kumarhane işletir ve Triadlar ile iş birliği geliştirir. Aynı zamanda mafyatik aileler arasında denge kurar, hatta onları birbirine düşürerek kendi planlarını yürütür. Karşısına tekrar Tenpenny çıkar ve CJ'e eskisi gibi zorla işler yaptırmaya çalışır. Fakat CJ Bu kez hiç niyetli değildir ve onlardan kurtulmak ister. Tenpenny kaçar fakat Pulaski kaçamaz ve CJ tarafından öldürülür.
Artık Los Santos'a dönme vakti gelmiştir. Ancak döndüğünde her şey çok değişmiştir. Ballas'lar tüm bölgeleri ele geçirmiştir, Grove Street ailesi dağılmışır, eski dostlar ya ölmüş ya ihanete uğramıştır. CJ, Sweet'in hapisten çıkmasıyla tekrar mahalleyi toparlamaya başlar. Çete savaşları yeniden başlar, Grove Street tekrar güç kazanmaya başlar. Bu süreçte CJ, rapçi Madd Dogg'un kariyerini de kurtarır ve onun menajerliğini yapar. Bu sayede hem sokakta hem de show dünyasında nüfuzu artar.
Sonunda CJ ihanete uğradığı en büyük isim olan Big Smoke'un izini bulur. Smoke, Los Santos'un göbeğinde dev bir uyuşturucu fabrikasının sahibidir. CJ, binaya sızar, tüm adamlarını tek tek indirir ve Big Smoke ile yüzleşir. Aralarında geçen duygusal ama sert çatışma sonucu Smoke ölür. Ancak hemen ardından Tenpenny ortaya çıkar, CJ'i tehdit ederek paraları alır ve makineleri patlatarak binayı ateşe verir.
CJ yangından kurtulmayı başarır. Ancak Tenpenny kaçmak için bir itfaiye aracına atlar. Sweet, aracın merdivenine tutunarak Tenpenny'i durdurmaya çalışır. İtfaiyede Tenpenny'nin arkadaşı çıkar ve Sweet'i aşağı atar. CJ kardeşini kurtarmak için araca yaklaşır ve onu düşmekten son anda kurtarır. Takip sonunda CJ, itfaiye aracına yandan çarparak köprüden aşağı düşürür. Aşağı indiklerinde Tenpenny ve arkadaşının ölmüş olduğunu görürler. Los Santos halkı, yıllarca çektikleri baskının intikamını almıştır. Oyun, Grove Street'in tekrar yükselişiyle ve CJ'in kendi ailesi, mahallesi ve dostlarıyla barışı sağlamasıyla son bulur.